在我國，常見的苜蓿病害主要有銹病、霜霉病、褐斑病、白粉病、夏季黑莖病、黑莖和葉斑病、黃斑病和輪斑病。其中以銹病分布最為廣泛，其次為霜霉病、褐斑病和白粉病。除了選用抗病品種、用農藥防治（如用甲基托布津、福美雙等拌種）外，最主要的還是在生產的各個環節（整地、播種、田間管理、利用、收獲、加工、儲藏以及牧草混播、殘茬焚燒等），采取相應的綜合農藝措施，減少病害的侵染與傳播，提高苜蓿的抗病能力。
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